Основными задачами Министерства являются:

1) обеспечение комплекса мер по реализации решений федеральных органов государственной власти, органов государственной власти Удмуртской Республики и проведение единой государственной политики в сфере охраны здоровья и лекарственного обеспечения;
2) организация работы в соответствии с законодательством по оказанию гарантированных государством объемов медицинской и лекарственной помощи, профилактике заболеваний;
3) разработка в пределах своей компетенции республиканских целевых программ по вопросам охраны здоровья граждан, профилактики заболеваний, оказания медицинской и лекарственной помощи, развития здравоохранения;
4) защита прав и законных интересов населения Удмуртской Республики в области охраны здоровья при осуществлении лицензирования и аккредитации;
5) обеспечение функционирования единого рынка медицинских и фармацевтических услуг, включая деятельность, связанную с оборотом наркотических средств и психотропных веществ;
6) оказание методической помощи государственным и муниципальным организациям здравоохранения по приведению их деятельности в соответствие установленным профессиональным стандартам;
7) контроль за соблюдением нормативов и стандартов в сфере охраны здоровья населения;
8) разработка и осуществление совместно с органами социальной защиты населения мероприятий по профилактике инвалидности и медицинской реабилитации инвалидов;
9) участие совместно с Центром государственного санитарно - эпидемиологического надзора в Удмуртской Республике в мероприятиях по обеспечению санитарно - гигиенического благополучия;
10) содействие развитию и становлению предпринимательской деятельности организаций здравоохранения всех форм собственности на территории Удмуртской Республики в пределах своей компетенции;
11) разработка мероприятий, направленных на обеспечение охраны здоровья матери, отца и ребенка;
12) оказание содействия функционированию ведомственной системы здравоохранения;
13) проведение единой кадровой политики в здравоохранении, обеспечение подготовки, повышения квалификации медицинских и фармацевтических работников;
14) разработка предложений по совершенствованию системы обязательного и добровольного медицинского страхования, обязательного социального страхования в сфере охраны здоровья в Удмуртской Республике;
15) организация и планирование работы организаций здравоохранения по своевременному оказанию медицинской помощи пострадавшим при возникновении чрезвычайных ситуаций в мирное время;
16) осуществление контроля за качеством медицинской помощи, экспертизы временной утраты трудоспособности в организациях здравоохранения, подведомственных Министерству, качеством и сертификацией лекарственных средств (при наличии соглашения о передаче таких полномочий), производственно - фармацевтической деятельностью аптечных организаций, подведомственных Министерству, а в случаях, предусмотренных законодательством и соглашениями с органами местного самоуправления, - в муниципальных организациях, осуществляющих медицинскую и фармацевтическую деятельность;
17) осуществление контроля за соблюдением организациями, осуществляющими медицинскую и фармацевтическую деятельность, лицензионных условий и требований (при наличии соглашений о передаче таких полномочий);
18) осуществление мероприятий и обеспечение контроля за соблюдением охраны труда, выполнения социальных льгот и гарантий для работников организаций здравоохранения и аптечной сети;
19) осуществление контроля за целевым использованием бюджетных средств в подведомственных Министерству организациях здравоохранения;
20) осуществление контроля за функционированием единой системы медицинской статистики и совершенствование информатизации здравоохранения;
21) организация и контроль выполнения мероприятий мобилизационной подготовки и гражданской обороны системы здравоохранения Удмуртской Республики к работе в период мобилизации и в военное время;
22) осуществление иных задач, установленных законодательством Российской Федерации и законодательством Удмуртской Республики.